従業員の隔離休暇期間中の給与については正常出勤として処理します。また、労働契約期間以内（労働契約が合法的に解除される前）は、従業員の社会保険も支払わなければなりません。

法的根拠

1、「伝染病予防処理法」第41条第2項：
　隔離される人員に勤務する単位がある場合は、所属単位はその者への隔離期間の業務報酬の支払いを停止してはならない。

2、「労働契約法」第42条第3項：
　罹病又は非労災負傷の場合であって、規定医療期間にある場合、企業は労働契約を解除できない。

肝炎及びB型肝炎について

1、肝炎について、発病期間中は伝染する恐れがありますので、検査等で発病者と確定した場合は、病院から病気休暇証明が出され、従業員本人を休まなければなりません。

2、B型肝炎について、肝臓機能が正常であれば発病者ではなく、乙類伝染病の病人にも該当せず、肝炎が他者へ感染して広がることはありません（B型肝炎ウイルスは血液・母子・性行為の三つのルートで感染し、一般的な日常業務・ 学習・生活接触によりB型肝炎ウイルスが伝染することはない、とされています）。従業員がB型肝炎の抗原保有者であることが分かった場合も、これは従業員のプライバシーの問題とされており、会社側がそれを知ったとしても、そのことを社内で公表することなどは禁じられています。